张文君教授一直从事ENSO机理及其气候影响的过程与机制研究,在ENSO形成机制及区域气候效应等方面,进行了较为系统和创新性的研究,已在Nature Communications, Geophysical Research Letters, Journal of Climate等该领域主流学术期刊发表学术论文近90篇(SCI近60篇),其中以第一作者和通讯作者发表 SCI论文40篇,SCI他引近1000次。其在ENSO方面的研究成果引起了国际同行的关注,相关研究成果曾被Nature Climate Change和Journal of Geophysical Research评为科研亮点,提出的能表征东亚夏季降水的新Ni?o指数被应用在国家气候中心的监测预测业务中。在大气科学的教学中,张文君教授主要从事动力学方面的课程,教授的课程有本科阶段的动力气象、流体力学,研究生阶段的高等大气动力学。